在 gitee ”管理“页面， 找到子菜单 “清空仓库”，它不会删除仓库，而仅仅是清空代码。

gitee 描述：

此操作无法恢复！请慎重操作！
清空仓库，此操作会清空仓库代码以及关闭 pages 服务，不会清空仓库的Issues，Wiki以及其他设置。

清空后，把本地缩减后的代码，重新推送到 gitee，即可缩减服务器git体积。